유익한 글 감사합니다. combinatorics에서 유명한 derangement[1]의 개수 세는 문제와 똑같군요. :) 저도 maple[2]로 그래프를 한 번 그러볼까 싶었는데, 엄청나게 오래 걸려서 포기했습니다. ㅎㅎㅎ 그런데 제가 문외한이라서 그런데, 이 계산이 실제로 활용되는 경우가 있나요? 아니면 순수하게 수학적인 의문으로 푸신 건가요?
전산생물학 실험실에서 종종 짧은 길이 시퀀스의 등장 가능성을 계산하고 싶을 때가 있습니다. 예를 들어, DNA/RNA를 가지고 하는 몇몇 실험에서 전 과정이 계획대로 진행되었는지 확인할 때, 특정 시퀀스 쿼리가 기대만큼 빈번히 등장하는지 계산해보면 (아주)대강 감을 잡을 수 있습니다. (50nt마다 한 번 꼴로 빈번히 등장해야 할 쿼리가 1000nt를 살펴봐도 나타나지 않는다면 실험 어딘가에 문제가 있었던 것이겠죠)
그때마다 간단히 k/4^n으로 근사(?)하곤 했는데, 어느날 친구가 “52nt 타겟에서 7nt 쿼리가 한 차례 이상 등장할 정확한 확률”이 궁금하다고 물어왔습니다.
막상 계산을 해보려니 생각보다는 복잡한 문제였습니다. 정확한 값은 지금껏 써왔던 방법과 얼마나 차이가 나는지 (상당히 과대추정하고 있었더군요), 또 52, 7이 아닌 일반적인 경우에도 적용할 수 있을지 궁금해서 문제를 풀기 시작했습니다.
그리 유용한 활용사례는 아닌 듯 싶습니다만ㅎㅎ 정확한 값이 필요하지는 않더라도, 이처럼 가끔가다 쿼리 등장 확률을 계산하면 실험 과정을 트러블슈팅할 때 도움될 때가 있습니다. 이렇게까지 정확하게 계산하고 싶었던건 그저 학문적인 오기 때문이었습니다 :)
De novo 
유익한 글 감사합니다. combinatorics에서 유명한 derangement[1]의 개수 세는 문제와 똑같군요. :) 저도 maple[2]로 그래프를 한 번 그러볼까 싶었는데, 엄청나게 오래 걸려서 포기했습니다. ㅎㅎㅎ 그런데 제가 문외한이라서 그런데, 이 계산이 실제로 활용되는 경우가 있나요? 아니면 순수하게 수학적인 의문으로 푸신 건가요?
[1] https://en.wikipedia.org/wiki/Derangement
[2] https://en.wikipedia.org/wiki/Maple_(software)
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전산생물학 실험실에서 종종 짧은 길이 시퀀스의 등장 가능성을 계산하고 싶을 때가 있습니다. 예를 들어, DNA/RNA를 가지고 하는 몇몇 실험에서 전 과정이 계획대로 진행되었는지 확인할 때, 특정 시퀀스 쿼리가 기대만큼 빈번히 등장하는지 계산해보면 (아주)대강 감을 잡을 수 있습니다. (50nt마다 한 번 꼴로 빈번히 등장해야 할 쿼리가 1000nt를 살펴봐도 나타나지 않는다면 실험 어딘가에 문제가 있었던 것이겠죠)
그때마다 간단히 k/4^n으로 근사(?)하곤 했는데, 어느날 친구가 “52nt 타겟에서 7nt 쿼리가 한 차례 이상 등장할 정확한 확률”이 궁금하다고 물어왔습니다.
막상 계산을 해보려니 생각보다는 복잡한 문제였습니다. 정확한 값은 지금껏 써왔던 방법과 얼마나 차이가 나는지 (상당히 과대추정하고 있었더군요), 또 52, 7이 아닌 일반적인 경우에도 적용할 수 있을지 궁금해서 문제를 풀기 시작했습니다.
그리 유용한 활용사례는 아닌 듯 싶습니다만ㅎㅎ 정확한 값이 필요하지는 않더라도, 이처럼 가끔가다 쿼리 등장 확률을 계산하면 실험 과정을 트러블슈팅할 때 도움될 때가 있습니다. 이렇게까지 정확하게 계산하고 싶었던건 그저 학문적인 오기 때문이었습니다 :)
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설명 감사합니다 :)
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